食管癌的治疗方法包括手术、放疗、化疗，但是最好的治疗是综合治疗。也就是说，按食管癌发生的部位，肿瘤的大小，癌细胞分化程度，有无淋巴结转移等情况，利用手术、放疗和化疗的合理优化，组合成综合治疗方案，达到疗效最高、毒副作用最小的治疗。
手术
手术应该是食管癌首选治疗，也是最有效的治疗。但是手术治疗的食管癌病例，可能只占食管癌患者的10%～20%。手术要求必须达到原发灶完全切除，并且区域淋巴结达到根治性清扫。食管癌长度超过5cm，80%以上出现纵隔淋巴结转移;长度超过7cm，100%的病人有纵隔淋巴结转移。手术时必须做到淋巴结完全、系统的清扫。规范治疗的标准是淋巴结切除需达到11个以上，这才能达到标准分期的要求。
适合手术治疗的食管癌，即手术治疗的适应证，应当是Ⅰ期、Ⅱ期和部分Ⅲ期，肿瘤虽侵犯食管最外侧的纤维膜，或侵犯相邻结构，但只有区域淋巴结转移的病例。如果首选放疗，放疗后复发，但没有远位转移，病人可以耐受手术，都可进行手术治疗。食管下段癌最宜手术。
不适合手术的食管癌，或称为手术禁忌证的是Ⅳ期和部分Ⅲ期，侵犯血管、气管，肿瘤巨大，有远位转移的病例。心肺功能差，重要器官功能不全，都不宜手术。
放疗
放疗是治疗食管癌的主力，不能手术的病人，或是可以手术但身体情况不好，不具备手术的医疗条件时，病人拒绝手术自愿放疗时，都可以行放疗。放疗治疗食管癌可分为根治性放疗、同步放化疗、术前放疗、术后放疗、或姑息性放疗。
根治性放疗目前已经得到广泛开展。食管癌瘤床及可能播散的亚临床(显微镜下可能看到癌细胞播散的区域)病灶，局部区域淋巴结引流区，都包括在放疗照射范围(靶区)之内，给予根治放疗剂量，可以取得相当好的疗效。胸上段、胸中段、颈段食管癌手术困难大，疗效差，而放疗相对容易，疗效好，
根据临床实践经验，食管癌放疗时同步使用小剂量化疗增敏，可以使食管癌放疗疗效明显提高。5年生存率最好能达到40%以上。达到极为惊人的效果。
食管下段和食管—贲门交界处癌，如果给予术前放疗，放疗后1-3个月内手术，会发现肿瘤明显缩小，淋巴结转移比例下降，癌细胞不同程度死亡，手术变得十分容易。术前放疗和同步化疗是这个部位食管癌治疗的金标准。
手术治疗后不甚满意的食管癌，例如切缘阳性(切缘上还有癌细胞)，淋巴结清扫数目不足，淋巴结转移百分比甚高，肿瘤太大等，外科医生会请放疗医生会诊，协助做术后放疗，弥补手术的不足。
相当晚期的食管癌，病人有严重的梗阻、声哑、呛咳，只要没有食管—气管瘘，食管—动脉薄壁相隔，都可以给予姑息性放疗。医生密切观察治疗的疗效，很有可能原来只为姑息放疗，结果因治疗反应好，最终改为根治性放疗。
放射治疗的技术和设备，最近10余年有很大进展，例如影像指引(IGRT)下的三维适形放疗(3D-CRT)和调强放疗(IMRT)。可以适当提高肿瘤靶区的放疗剂量，减少正常组织的受量和损伤。
化疗
食管癌的化疗，分为手术前的新辅助化疗，及术后的辅助化疗，晚期病例可用姑息性化疗。复发病例，常用化疗取得姑息效果。
化疗必须掌握适应证，必须按食管癌化疗有效方案，并根据病人的病情进行个体化调整。
对于食管癌，中国多为鳞状上皮癌，使用的化疗药物主要是顺铂、多西紫杉醇、奥沙利铂和5-氟脲嘧啶。
辅助治疗
食管癌不管用哪种治疗为主的综合治疗，都会有一定毒副作用。因此治疗过程中，应当密切观察病情的演变，及时给予对症及支持治疗，使患者顺利完成治疗计划。
目前食管癌手术或放疗化疗综合治疗，疗效都有明显改进，大约40%～50%的病人可能获得长期生存。